長期優良住宅として認定を受けた住宅の登記の際に必要な登録免許税が、通常の住宅よりも優遇されます。しかし、一般の住宅自体がすでに優遇されており、長期優良住宅の認定を受けることによる優遇はそれほど大きなものではありません。